De nouveaux protocoles de suivi visuel et acoustique de la biodiversité animale

Sabrina Krief (Professeure MNHN) et Hugo Magaldi (Ingénieur de recherche MNHN/OFVi), assistés de Raymond Katumba et Harold Rugonge, managers du Sebitoli Chimpanzee Project (SCP) et de 3 assistants terrain du SCP, Daniela Birungi, Robert Asiimwe et Robert Nyakahuma, ont participé à cette mission.

Objectifs

1. Test de terrain de l’algorithme développé en labo pour le tri des taxons animaux détectés par CT (portabilité, rapidité, simplicité) 
2. Mise en place de protocole de suivi de la biodiversité animale par camera traps (CT) 
3. Mise en place de protocole de suivi de la biodiversité animale par passive audio recorders (PAR)
4. Mise place de protocole de terrain pour identification individuelle par CT pour 2 taxons d’espèces « en danger »  (chimpanzés, éléphants) 
5. Recrutement de nouveaux agents de suivi de biodiversité par remote sensing (commencé début décembre 2024 avec définition des profils, publication et réalisation des entretiens). 
6. Formation technique des membres de l’équipe ougandaise aux nouveaux protocoles 

Protocoles de terrain

A l’issue de cette mission, trois protocoles sont aujourd’hui actifs.

1. Un premier protocole dédié au suivi visuel et acoustique de la biodiversité animale générale, avec 20 emplacements répartis sur une grille régulière, chacun équipé d’un CT et d’un PAR.
2. Un deuxième protocole pour l’identification visuelle des chimpanzés et des éléphants, avec 7 CT à localisation variable.
3. Un troisième protocole pour la comparaison de différents paysages acoustiques (forêt, marécage, lisière), avec 3 PAR enregistrant en continu.

Recrutements

Pour assurer le suivi de ces protocoles, le projet s’appuie sur l’équipe ougandaise précédemment en charge des CT (3 assistants terrain), et donc la compétence locale existante du SCP en suivi de la biodiversité animale par CT. L’équipe a été renforcée par le recrutement de 2 assistants supplémentaires, Oliver Kemigisa et Nathan Alinaitwe, dont la période d’essai de 2 semaines a été réalisée avec succès. L’intégration de la mission dans les activités du SCP a été possible grâce aux managers Raymond Katumba et Harold Rugonge et leur plein support à l’équipe. 

Un gestionnaire de données, Innocent Kasekendi, en charge de superviser l’équipe terrain en liaison avec Hugo Magaldi et l’équipe de recherche au MNHN, a été recruté à l’issue d’une période d’essai de deux semaines. Le premier candidat envisagé ayant un profil plus recherche en laboratoire que technique de terrain, l’intégration d’Innocent à l’équipe est l’aboutissement d’un nouveau recrutement commencé pendant la mission et finalisé la semaine passée.

Suite à l’installation des CT et des PAR, deux semaines de tests de collecte et analyse des données en situation réelle ont permis le rodage opérationnel de la nouvelle équipe.

Test de l'algorithme

L'algorithme de classification inter-espèce développé au Muséum a été déployé sur l’ordinateur portable de la station. Il fonctionne sur CPU et sans connexion internet via une interface utilisateur intuitive, et permet une première analyse rapide des clips vidéos collectés par le gestionnaire de données. L’équipe ougandaise a également été formée à l’usage d’un outil de labellisation propriétaire, afin de simplifier la tâche d’annotation des clips.

Perspectives

L’enjeu des prochains mois : la maintenance et l’adaptation de ces protocoles sur site par l’équipe terrain, conjointement avec l’analyse des données collectées et leur exploitation au MNHN pour le développement de nouveaux outils d’intelligence artificielle de suivi acoustique et d’identification visuelle des individus.